Nakon prethodne uspješne sezone, Neretva se pripremala i za drugu sezonu u južnoj skupini Međurepubličke lige.

Trener Stipe Nikolić imao je raspolaganju dovoljan broj igrača, uključujući i novopridošle Andrića, Čepu, Cvijanovića, Bušića, Cvitanovića, Obradova, Igora Sršena i druge.

U sezoni 1989./90., bilježimo vrijedne pobjede u susretima s Igmanom 2:0, Krivajom 2:1, Neretvancem , 3:1, Borcem Čapljina 7:1, Mornarom 2:0, Bosnom 3:1, i tako dalje.

Na kraju prvenstva Neretva je bila na  11 mjestu s 29 bodova.

Tijekom 1989. godine nizom manifestacija obilježena je 70. obljetnica NK Neretve, a o radu i uspjesima kluba govorio je predsjednik, ing. Ivo Šprlje.

Među nekadašnjim igračima na proslavi su bili Mile Gutić, Srećko Jelavić i Mato Majić.

Mile Gutić nam je tada izjavio da je Neretva imala velik broj kvalitenih igrača, ali da za najboljega smatra Matu Majića. Srećko Jelavić tada nam je rekao da je počeo igrati s 14 godina, te da je igrao oko 20 godina, a Mato Majić je tada rekao:

– Ja sam kao pionir 1936., počeo igrati u Naroni, ali na mjestu vratara. Kasnije sam bio centarfor. Otišao sam u školu u Vršac gdje sam nastavio igrati. Tijekom 2. Svjetskog rata bio sam član glazbe, a nogomet sam još igrao u Požegi, Travniku i u Sarajevu. Na nagovor mojih Metkovaca vratio sam se u Metković 1946. godine i zaigrao opet za Naronu. Igrao sam srcem i s ljubavlju, iako nam je to bilo vrlo teško poratno vrijeme. Zvali su me Sarajevo, Velež, Hajduk i još neki, ali sam ostao u svom gradu, – rekao nam je tada Mate Majić.

Recimo i to, obitelj Mate Majića ulazi u red cijenjenih i uspješnih sportskih obitelji u Metkoviću. Njegov sin Bariša Braco Majić, među onim je nogometašima koji je odigrao najviše utakmica za Neretvu. Kasnije je bio vrhunski sudac i trener. Barišin sin Matko je nogometni sudac, a unuk (Ivanović) ima odlike vrsnog nogometnog vratara. Dragan Majić je bio vrhunski rukometaš i uvaženi trener Mehanike, te drugih klubova u zemlji i u inozemstvu, a njegov sin , prof. Filip Majić odličan je nogometaš i trener.

NK Neretva, Sezona 1989./90.
Slijeva stoje: Dalibor Žderić, Darko Cvijanović, Joško Jerković, Marko Korda, Miladin Bojbaša, Ivo Rodin, Igor Sršen i Jurica Šestan.
Srednji red: Stipe Nikolić (trener), Duško Mijoč, Veseljko Paponja, Neven Cvijanović, Nikša Galov, Joško Pandža, Slobodan Kuran, Dražen Batinović i Ante Džakula (pom. trener)
Sjede: Miroslav Andrić, Dragan Glogovac, Damir Mišanović, Krešimir Batinović, vlaho Marević, Ivica Brečić i Boris Obradov.

Stigla je i treća, posljednja sezona u Međurepubličkoj ligi

Zbog ukupnog stanja u bivšoj državi i približavanja ratne tragedije u kojoj je Hrvatska izvojevala svoju slobodu i samostalnost, bilo je razvidno da će ova sezona biti i posljednja u bivšoj zajedničkoj državi.

Trener Luka Bonačić mogao je računati na: E. Jakirovića, Mišanovića, Galića, Zeljića, Paponju, Ereša, Jukića, M. Borovca, Majića, Mijoča, Veraju, Lučića, zatim na Krstulovića, Omazića, Beša, Svagušu, I. Sršena i druge igrače.

Neretva je igrala dobro i na kraju osvojila treće mjesto s 36 bodova.

Bio je to još jedan velik uspjeha nogometnih znalaca iz Metkovića, posebice ako se zna da su se natjcali među ostalim, i s jednim Čelikom iz Zenice, Lovćenom, Bosnom, Famosom i ostalima.

Prvo natjecanje u samostalnoj i međunarodno priznatoj Hrvatskoj

Zbog ratnih događaja nije bilo nogometnih (ni drugih) natjecanja, koja su otpočela tek u proljeće 1992.godine.  Neretva je postala članom Druge HNL jug, zajedno sa Neretvancem, Junakom, Splitom, Slavenom, Jadranom (Ploče)…

Velik broj sportaša odjenuo je vojne uniforme i srcem i dušom, branili su svoju Dolinu i svoju domovinu Hrvatsku. Kako je Metković bio izložen stalnim napadima iz zraka i s kopna,  Neretva je nekoliko svojih utakmica odigrala u Krvavcu, u Makarskoj i u Blatu na Korčuli.S konačnih 13 bodova, metkovski ligaš na kraju prvenstva bio je na četvrtom mjestu.

Igrali su: Anđelić, Beš, D. Borovac, M. Ćužić, Cvijanović, J. Ereš, Galić, Hrkač, Jukić, D. Mioč, Mišanović, Pivac, Šerić, Svaguša, Talajić, Veraja, Vrebac i Zeljić.

U sezoni 1992./93., momčad je vodio Bariša Majić. Uz postojeće u kadru su bili igrači: D. Bezer, Butić, Čatić, Kalezić, Karlušić, Katavić, J.Kordić, Mulalić, Pavić, Rebac, R. Srna,Vučić, R. Vučković i Zvonić.

Zahvaljujući napornom radu, znanju i htijenju Metkovci su na kraju prvenstva u kojemu se natjecalo 16 klubova, zauzeli solidno 4. mjesto s 35 bodova. U toj sezoni potovali su osim po Dalmaciji, i u Rijeku, Rovinj, Senj, Poreč, Labin i u Kraljevicu.